Οι Σχολές του Πολυτεχνείου Κρήτης οργανώνουν και λειτουργούν Προγράμματα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.), σύμφωνα με την κείμενη Νομοθεσία και τους κανονισμούς των επιμέρους ακαδημαϊκών τμημάτων.
Σκοπός των Προγραμμάτων Μεταπτυχιακών Σπουδών είναι η μετεκπαίδευση των φοιτητών και η εξειδίκευσή τους στα αντικείμενα των αντίστοιχων προγραμμάτων και ειδικεύσεων, όπως αυτά καθορίζονται από τα προσφερόμενα μαθήματα, καθώς και η διεξαγωγή βασικής και εφαρμοσμένης επιστημονικής έρευνας με στόχο τη συμβολή των αποφοίτων του στην οικονομική και τεχνολογική ανάπτυξη της χώρας.
Κάθε Π.Μ.Σ. έχει σχεδιαστεί έτσι ώστε αναπτύσσει και να ενισχύει τις γνώσεις, τις δεξιότητες, τις εμπειρίες και τις ικανότητες των αποφοίτων, των στελεχών επιχειρήσεων και δημόσιων οργανισμών με στόχο την δημιουργία υψηλά καταρτισμένων και εξειδικευμένων ερευνητών και στελεχιακού δυναμικού.
Σκοπός των Διδακτορικών Σπουδών είναι η παραγωγή νέας γνώσης, η προώθηση της καινοτομικής έρευνας, της επιστήμης και των εφαρμογών της με τη διεξαγωγή υψηλής ποιότητας έρευνας καθώς και η δημιουργία άριστα εκπαιδευμένων επιστημόνων ικανών να συμβάλουν στην πρόοδο της έρευνας και της τεχνολογίας.
Τα προγράμματα μεταπτυχιακών σπουδών των Σχολών έχουν ως εξής:
